Program Studi S-2 di Jurusan Teknologi Pertanian pada awalnya adalah merupakan Minat Teknologi Pasca Panen yang berada di bawah naungan Program Studi Ilmu Tanaman dengan status KPK antara Universitas Gadjah Mada dan Universitas Brawijaya. Mulai tahun ajaran 1995/1996 dirintis pembukaan Program Studi Teknologi Pasca Panen. Pada akhir April 1999, turun SK Dirjen DIKTI No. 169/DIKTI/Kep./1999 yang menyatakan berdirinya secara resmi Program Studi ini dengan nama baru yang ditetapkan adalah Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (PS S-2 THP).
Pengelolaan PS S-2 THP pada saat itu di bawah Program Program Pascasarjana Universitas Brawijaya. Pada tanggal 26 Pebruari 2006 dengan SK Rektor UB no 30/SK/2006, pengelolaan semua program magister dan doktor di lingkungan UB dipindahkan ke fakultas dimana induk keilmuan berasal, sehingga PS S-2 THP dipindahkan ke Fakultas Teknologi Pertanian.